Tony Rees (Wissenschaftler)

In diesem Artikel geht es um Tony Rees, den Wissenschaftler und Datenmanager. Für Tony Rees, der walisische Fußballer, siehe Tony Rees.
DR

Anthony J.J. "Tony" Rees
OBIS team at Rutgers, 2004.jpg
Tony Rees (Zentrum) mit Mitgliedern des Ocean Biogeographic Information System (OBIS) -Teams an der Rutgers University, 2004: Fred Grassle (links), Phoebe Zhang (rechts)
Geboren 1953 (Alter 68–69)
Staatsangehörigkeit Britisch, Australier
Bekannt für Meeresbiologie, Biodiversität Informatik, Softwareentwicklung
Eltern
  • Henry Rees (Vater)
  • Freda Rees (Mutter)
Auszeichnungen Ebbe Nielsen -Preis (2014)
Wissenschaftliche Karriere
Felder Biologie, Meeresbiologie, Biodiversität Informatik
Institutionen University College London, CSIRO -Abteilung für Fischerei (später CSIRO Marine und Atmosphärische Forschung
These  (1979)
Doktorand Gordon F. Leedale
Autor Abbrev. (Botanik) A.J.J.RES
Webseite fishbase.de/ ..

Anthony J. J. ("Tony") Rees (geboren 1953) ist seit 1986 ein in Britisch geborener Softwareentwickler, Datenmanager und Biologe in Australien und zuvor Datenmanager mit CSIRO Marine und Atmosphärische Forschung.[1] Er ist verantwortlich für die Entwicklung einer Reihe von Softwaresystemen, die derzeit im wissenschaftlichen Datenmanagement verwendet werden, einschließlich C-Squares, Taxamatch und irmng, die Zwischenregister von Marine- und Nichtmarine -Gattungen. Er war auch eng mit der Entwicklung anderer Initiativen zur Informatik in Artenvielfalt engagiert, einschließlich der Biogeografisches Informationssystem ozean (Obis), Aquamaps, und die Ich pflanze Taxonomischer Name Resolution Service (TNRS).

Biografie

Rees wurde in geboren in Coventry, Großbritannien zu einer akademischen Familie[a] und für einen Abschluss in Pflanzenwissenschaften am Universität Leeds Von 1971-1974 veröffentlichte ein Papier über die Beschreibung eines neuen Chrysophyten-Alga aus seiner Grundstudie.[5] Anschließend erhielt er einen Ph.D. Von derselben Universität mit einer These mit dem Titel "The Phytoplankton eines eutrophen See: Gemeinschaftsdynamik und Ultrastrukturstudien".[6][b] In den 1980er Jahren arbeitete er für die Micropalaeontology Unit der Geologieabteilung unter University College London[7] Bevor er nach Australien migrierte, wo er die Elektronenmikroskopanlage für die verwaltete CSIRO -Abteilung für Fischerei Bis zur Schließung dieser Einrichtung im Jahr 1996 wechselte er in den Bereich des Meeresdatenmanagements für dieselbe Wissenschaftsagentur. In dieser Position kombinierte er ozeanografische und marine biologische Datenmanagement[8] und entwickelte ein Interesse am aufstrebenden Bereich von Artenvielfalt Informatikauch eine Rolle, die die technische Entwicklung des Biogeografisches Informationssystem ozean (Obis) entwickelt von von entwickelt von J. Frederick Gras In den USA von 2009 bis 2014 leitete er den australischen Knoten von Obis in CSIRO.[9] und arbeitete auch mit anderen Initiativen für nationale und internationale Biodiversität Informatik und Datenaustausch, einschließlich der, zusammen Enzyklopädie des Lebens, das Globale Informationseinrichtung für Biodiversität, das Atlas von Living Australia, das Offener Baum des Lebens Projekt, Fishbase, und andere. Rees verließ CSIRO im Jahr 2014, seit seiner Zeit, als er Zwischenregister von Marine- und Nichtmarine -Gattungen Das Projekt wurde in der Dateninfrastruktur am gehostet Flanders Marine Institute (Vliz) in Belgien, mit dem er eine Beteiligung wie bei 2022 fortsetzt.

Entwicklung von Datenmanagement -Tools

Juni 2004 Version der OBIS-Startseite (www.iobis.org) mit "Klicken Sie auf eine Karte" räumliche Suche basierend auf C-Squares-Darstellungen von Datenverteilungen im OBIS-Index, das von Rees entworfen und von Rees und Y. Zhang implementiert wurde
Aquamap (computergenerierte vorhergesagte Verteilung) für Mola Mola, der Ozean Sunfish, produziert über einen Live -Web -Anruf in der C-Squares Mapper
Rees spricht auf dem GBIF Science Symposium 2014, Neu -Delhi, Indien; Hinter ihm veranschaulicht eine Folie, die die Funktion "Globe View" des C-Squares Mapper veranschaulicht, wie für Daten aus dem implementiert Informationssystem der Biodiversität Ozean

Im Jahr 2002 entwickelte Rees ein gitterbasiertes Identifikationssystem "C-Squares"Für Einheiten des geografischen Raums, für die Bereiche des wissenschaftlichen Betriebs durch bestimmte Forschungsprojekte in seiner Agentur zugewiesen werden konnten;[10] Durch die Gestaltung des Systems, um jede Skala von global bis lokal zu decken, passte C-Squares auch gut für die anfängliche räumliche Datenhandhabung sowohl des OBIS als auch der nachfolgenden Aquamaps Projekte, zusätzlich zu ihrer ursprünglichen Implementierung in der "Marlin" -Metadatensystem von CSIRO Fisheries. Eine 2006er Upgrade der Software "C-Squares Mapper" zur Herstellung von Rotatable und zoomablen "Globe Views" war eine frühe, browserbasierte Implementierung von a Virtual Globe,[11] Vorab Dating der eventuellen Verfügbarkeit des (weitaus besser angegeben) Google Earth Software als benutzeradressive Webanwendung.

In den Jahren 2003-2004 war Rees für eine Neugestaltung der OBIS-Such- und Display-Software verantwortlich Daher wurde die Vertrauen in lebende, verteilte Abfragen an die föderierten Datenlieferanten entfernt. Diese Neugestaltung ging 2004 in der Produktionsversion von Obis live.[12] Gleichzeitig stellte er eine "Rückgrat-Taxonomie" für OBIS-Datenbestandsbestände ein, die auf der damals latestischen Ausgabe (2003) des Katalogs des Lebens basiert und die einzelnen Namen entweder als Marine oder Nonmarine gekennzeichnet waren, da Obis nur die Marine entlarven wollte Element des Inhalts, das von externen Systemen geliefert wurde, die nicht immer zwischen den Aufzeichnungen auf der Grundlage des Lebensraums unterschieden.

2006 wurde 2006 taxonomische Lücken in dieser letzten Bemühungen bewusst, die sich aus der Unvollständigkeit im damaligen Katalog des Lebens ergeben, und begann 2006 eine neue taxonomische Datenzusammenstellung mit dem Titel "The"Zwischenregister von Marine- und Nichtmarine -Gattungen"(IRMNG), das versuchte, alle veröffentlichten Gattungen der Welt aufzulisten und ihnen entweder einen Marine- oder Nichtmarinstatus zuzuweisen (später wurde diese einfache Unterscheidung weiter in Marine/Brack-/Süßwasser- und terrestrische Zustände unterteilt), ebenfalls eine vorhandene/fossile Flagge Für die Verwendung von Systemen, die sich zusätzlich zu einer Diskriminierung zwischen bestehenden und fossilen Taxa wünschten. IRMNG, der zunächst als kurzfristiges Datenkompilierungsprojekt konzipiert wurde, erwies sich als komplexer, um zu vervollständigen als ursprünglich vorgesehen und setzt sich zuerst bis zur gegenwärtigen Zeit fort von CSIRO in Australien (ab 2016) veranstaltet dann am Flanders Marine Institute (Niederländisch: Vlaams Instituut Voor de Zee, Vliz) in Belgien.[13][14][15]

IRMNG und Taxamatch, zwei von Rees in den 2000er bis 2010er Jahren entwickelte Biodiversitäts-Informatikanwendungen

Ein zusätzliches von Rees entwickelter zusätzlicher Software -Tool ist eine Methode zur Überprüfung der wissenschaftlichen Namen von Organismen mit dem Titel "Taxamatch", die einen hohen Rückruf anstrebt (kein Kandidat korrekt geschrieben Namen übersehen) und auch eine gute Präzision (Ablehnung von "falschen Hits"), wenn ein Eingang (Potenziell falsch geschrieben) wird geliefert und eine Liste der korrekt geschriebenen Namen ist verfügbar, gegen die er getestet werden kann.[16] Diese Methode wurde anschließend als nützliches Merkmal in einer Reihe globaler taxonomischer Datenbanken, einschließlich der Ich pflanze Taxonomischer Name Resolution Service für Pflanzen,[17] Das World Register of Marine Species (Würmer) und seine Dutzenden von Komponenten einzelner Datenbanken,[18] die Euro+Med Plantbase[19] und das EU-Nomen-Portal zur paneuropäischen Artenverzeichnis-Infrastruktur (PESI)[20] Zusätzlich zu seiner Einbeziehung in IRMNG.

Für seine Arbeit im Bereich von Artenvielfalt Informatik einschließlich dessen auf C-Squares, Obis, IRMNG und Taxamatch, der Globale Informationseinrichtung für Biodiversität (GBIF) hat Rees die 2014 verliehen Ebbe Nielsen -Preis.[21] Teil des begleitenden Zitats von 2014 von GBIF liest:

Ward Appeltans, Obis Manager bei der zwischenstaatlichen Ozeanografiekommission der UNESCO, sagte, er sei froh, dass Rees 'Lebensarbeit, Engagement und Ausdauer durch diesen prestigeträchtigen Preis belohnt wurden. "Tony Rees hat zwei seiner Leidenschaften, Informatik und Biologie erfolgreich kombiniert. Mit der richtigen Intuition und dem richtigen Wissen hat er Lösungen aufgebaut, die von Tausenden von Wissenschaftlern auf der ganzen Welt verwendet wurden."[21]

Für einen Zeitraum in den 2010er Jahren war Rees Mitglied des globalen Teams des Katalogs des Lebens und nahm an Diskussionen über die fortlaufenden Funktionen und Entwicklung dieser Projekte teil. Derzeit ist er (2021) Mitglied der Taxonomiegruppe Katalog der Lebens.[22] Er war auch Mitglied der internationalen Teams, die für die Gestaltung und Umsetzung der biologischen Vielfalt im Zusammenhang mit Aquamaps (globale Vorhersagekarten für Wasserorganismen) und IPLant-TNRs (Taxonomic Name Resolution Service), die in der wissenschaftlichen Literatur 2010 bzw. 2013 beschrieben wurden, entwickelt und umgesetzt wurden.[23][17] Fünf-Grad-globale "C-Squares" -Zellen wurden auch als grundlegende Berichterungs- und Analyseeinheiten für die erste standardisierte Datenanalyse und Kartierung globaler marine-biogeografischer Bereiche von M. Costello verwendet et al. 2017.[24] Im Jahr 2020 wurden Daten von IRMNG verwendet, um als Datentabelle freizugeben und zusammenfassende Statistiken über alle bekannten Gattungen der Welt und deren Synonyme bereitzustellen, wie in IRMNG zu dieser Zeit stattfand.[15] Inzwischen die Internationaler Rat für die Erforschung des Meeres (ICES) haben zuletzt C-Squares als zugrunde liegende räumliche Gitter für die Verwaltung aller Schiffsüberwachungssysteme (VMS) und Fischereibücher verwendet und auch mehrere Anwendungen um dieses "Fishframe" erstellt (siehe C-Squares Artikel für weitere Informationen) und das EU-finanzierte Horizont 2020 Atlas-Projekt, bei dem gefährdete Marine-Ökosysteme (VMEs) im Nordosten-Atlantik untersucht wurden.[25]

Siehe auch

Anmerkungen

  1. ^ Rees 'Familie war akademisch, aber nicht spezifisch wissenschaftlich geneigt; Seine Mutter Freda Rees (geb. Bennett) nahm an St. Hilda's College, Oxford 1938[2] Während sein Vater Henry Rees einen Ph.D. in der Wirtschaftsgeographie im Jahr 1955 nach einem ersten Grad an der London School of Economics, unterrichtete in Geographie, verfasste eine Reihe von Lehrbüchern zu diesem Thema und war in die frühen Phasen der Schaffung der beteiligt Universität von Warwick.[3][4]
  2. ^ Gordon F. Leedale, Aufsichtsbehörde von Rees 'Postgraduiertenstudien, war früher Kollege des vorherigen Professors für Botanik an der Leeds University Irene Manton, Deren Elektronenmikroskop Die Einrichtung im Keller von "Botany House" war eine anhaltende Ressource für zukünftige Studenten, einschließlich Rees und einer Reihe seiner nahezu kontumenten.

Verweise

  1. ^ Orcid -Datensatz: Tony Rees
  2. ^ Gazette der Universität Oxford, 6. Februar 2014: Todesanzeigen, p. 302
  3. ^ Viaf Eintrag: Rees, Henry, 1916-2006
  4. ^ Warwick.ac.uk: Nachruf: Henry Rees - 1916 - 2006
  5. ^ Rees, Anthony J.J.; Leedale, Gordon F.; Cmiech, Helena A. (1974). "Paraphysomonas faveolata sp. Nov. (Chrysophyceae), eine vierte Meeresspezies mit Meshwork-Körperskalen. ". British Phycological Journal. 9 (3): 273–283. doi:10.1080/00071617400650331.
  6. ^ Rees, Anthony John Joseph, 1979. Der Phytoplankton eines eutrophen See: Gemeinschaftsdynamik und Ultrastrukturstudien. Ph. D. Thesis, Universität Leeds, 152 S. https://ethes.whiterose.ac.uk/153/
  7. ^ Lord, A. R.; Cooper, M.K.E.; Corbett, P.W.M.; Fuller, N.G.; Rawson, P. R.; Rees, A.J. (1987). "Mikrobisistratigraphie der wolgischen Bühne (Oberjura), Wolga River, UdSSR ". Neuers Jahrbuch für Geologie und Paläontologie - Monatshefte. 1987 (10): 577–605. doi:10.1127/njgpm/1987/1987/577.
  8. ^ Finney, Kim & Rees, Tony, 2000. "Metadaten- und Datenmanagementaktivitäten bei CSIRO Marine Research, Australien." In: Hiscock, K. (Hrsg.) Verwenden marine biologische Informationen im elektronischen Zeitalter. Verfahren der Konferenz am 19. bis 21. Juli 1999. Gelegentlich Veröffentlichung. Marine Biological Association des Vereinigten Königreichs, 7: S. 35-4. Verfügbar um http://www.vliz.be/en/imis?module=ref&refid=338963
  9. ^ Obis Australien: Über uns (Archivierte Version, April 2013)
  10. ^ Rees, Tony (2003). "'C-Squares', ein neues räumliches Indexierungssystem und seine Anwendbarkeit auf die Beschreibung ozeanografischer Datensätze. ". Ozeanographie. 16 (1): 11–19. doi:10.5670/oceanog.2003.52.
  11. ^ "C-Squares Mapper Hilfe". CSIRO Marine & Atmospheric Research. Abgerufen 21. September 2021.
  12. ^ Rees, Tony & Zhang, Phoebe. 2007. "Entwicklung von Konzepten in der Architektur und Funktionalität von OBIS, dem biogeografischen Informationssystem des Ozeans". In Vanden Berghe, E. et al. (ed.) Proceedings of Ocean Biodiversity Informatics: Eine internationale Konferenz über die Datenmanagement von Marine Biodiversity Hamburg, 29. November-1. Dezember 2004. IOC Workshop Report, 202, VLIZ Special Publication 37: S. 167-176. (Plen-18-03)]. Publikationsbüro der Europäischen Union, Luxemburg, 95 PP. ISBN978-92-79-98374-0, doi:10.2760/335280
  13. ^ Rees, Tony (2008). "18.8. IRMNG - Das Interimsregister von Marine und Nonmarine Gattungen" (PDF). Das Verfahren von TDWG. 2008: 72–73.
  14. ^ Rees, Tony; Vandepitte, Leen; Decock, Wim; Vanhoorne, Bart (2017). "IRMNG 2006–2016: 10 Jahre einer globalen taxonomischen Datenbank". Artenvielfalt Informatik. 12: 1–44. doi:10.17161/bi.v12i0.6522.
  15. ^ a b Rees, Tony; Vandepitte, Leen; Vanhoorne, Bart; Decock, Wim (2020). "Alle Gattungen der Welt: Ein Überblick und Schätzungen auf der Grundlage der Veröffentlichung des Interim -Registers von Marine und Nonmarine Gattungen (IRMNG).". Megataxa. 1 (2): 123–140. doi:10.11646/megataxa.1.2.3.
  16. ^ Rees, Tony (2014). "Taxamatch, ein Algorithmus für nahezu ('Fuzzy'), die wissenschaftliche Namen in taxonomischen Datenbanken übereinstimmen", ". PLUS EINS. 9 (9): E107510. Bibcode:2014PLOSO ... 9J7510R. doi:10.1371/journal.pone.0107510. PMC 4172526. PMID 25247892.
  17. ^ a b Boyle, Brad; Hopkins, Nicole; Lu, Zhenyuan; et al. (2013). "Der taxonomische Namen Resolution Service: Ein Online -Tool zur automatisierten Standardisierung von Anlagennamen". BMC Bioinformatics. 14: 16. doi:10.1186/1471-2105-14-16. PMC 3554605. PMID 23324024. S2CID 2731008.
  18. ^ Vandepitte, Leen; Vanhoorne, Bart; Decock, Wim; et al. (2018). "Ein Jahrzehnt des World Register of Marine Species - Allgemeine Erkenntnisse und Erfahrungen des Datenmanagementteams: Wo sind wir, was haben wir gelernt und wie können wir weitermachen?". PLUS EINS. 13 (4): E0194599. Bibcode:2018PLOSO..1394599V. doi:10.1371/journal.pone.0194599. PMC 5889062. PMID 29624577.
  19. ^ das Euro+Med Plantbase - Die Informationsressource für die Euro-Mediterranean-Pflanzenvielfalt,
  20. ^ http://www.eu-nomen.eu: Pesi Taxon Match -Tool. Zugriff am 15. August 2021.
  21. ^ a b "CSIROs Tony Rees ernannte 2014 Ebbe Nielsen Prize -Gewinner". GBIF. Abgerufen 10. Dezember 2018.
  22. ^ Katalog des Lebens: Col Governance. Zugriff am 15. August 2021.
  23. ^ Bereit, Jonathan; Kaschner, Kristin; South, Andy B.; et al. (2010). "Vorhersage der Verteilungen von Meeresorganismen auf globaler Ebene". Ökologische Modellierung. 221 (3): 467–478. doi:10.1016/j.ecolmodel.2009.10.025.
  24. ^ Costello, Mark J.; Tsai, Peter; Wong, Pui Shan; et al. (2017). "Biogeografische Bereiche und Artenendemizität". Naturkommunikation. 8 (1): 1057. Bibcode:2017natco ... 8.1057c. doi:10.1038/s41467-017-01121-2. PMC 5648874. PMID 29051522.
  25. ^ Turner, Phillip J.; Gianni, Matthew; Kenchington, Ellen; Valanko, Sebastian; Johnson, David E. (2021). "Neue wissenschaftliche Informationen können dazu beitragen, die Bewertung der EU-Fischereivorschriften der EU-Fischerei zu informieren." Das Internationale Journal of Marine and Coastal Law. 36 (4): 627–646. doi:10.1163/15718085-BJA10074. S2CID 240257476.

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