OBO Foundry

OBO Foundry
Fokus Improvent biomedizinischer Ontologien
Mitglieder
27
Schlüsselpersonen
 Suzanna Lewis, Barry Smith, Michael Ashburner
Webseite OboFoundry.org

Das Offene biologische und biomedizinische Ontologien (OBO) Gießerei Ist eine Gruppe von Personen, die sich für den Bau und die Wartung einsetzen, Ontologien verwandt mit Biowissenschaften.[1] Die OBO -Foundry stellt eine Reihe von Prinzipien für die Entwicklung von Ontologie zur Schaffung einer Reihe interoperabler Referenz -Ontologien im biomedizinischen Bereich. Derzeit gibt es mehr als hundert Ontologien, die den OBO Foundry -Prinzipien folgen.

Die OBO -Foundry -Anstrengung erleichtert es, biomedizinische Ergebnisse zu integrieren und eine Analyse in Bioinformatik. Dies geschieht, indem es eine strukturierte Referenz für die Bedingungen verschiedener Forschungsfelder und deren Zusammenhänge bietet (z. B. a Phänotyp in einem Mausmodell und sein verwandter Phänotyp in Zebrafisch).[2]

Einführung

Die Foundry -Initiative zielt darauf ab, die Integration von Daten in die Biowissenschaften zu verbessern. Ein Ansatz zur Integration ist die Annotation von Daten aus verschiedenen Quellen mit Verwendung kontrollierte Vokabeln. Idealerweise haben solche kontrollierten Vokabulare die Form von Ontologien, die logische Argumentation über die mit den Begriffen im Wortschatz kommentierten Daten unterstützen.

Die Formalisierung von Konzepten im biomedizinischen Bereich ist besonders durch die Arbeit der Arbeit bekannt Gen-Ontologie Konsortium, ein Teil der OBO -Gießerei. Dies hat zur Entwicklung bestimmter vorgeschlagener Prinzipien der guten Praxis in der Ontologieentwicklung geführt, die jetzt im Rahmen des offenen biomedizinischen Ontologies Consortium durch seine OBO -Gießereiinitiative in die Praxis umgesetzt werden. Obo -Ontologien sind Teil der Ressourcen der Ressourcen Nationales Zentrum für biomedizinische Ontologie, wo sie eine zentrale Komponente des Bioportals des NCBO bilden.

Offene biologische und biomedizinische Ontologien

Die offenen biologischen und biomedizinischen Ontologien (OBO; ehemals offene biomedizinische Ontologien) sind eine Anstrengung zu schaffen Ontologien (kontrollierte Vokabeln) für die Verwendung in biologischen und medizinischen Bereichen. Eine Untergruppe der ursprünglichen OBO -Ontologien hat die OBO Foundry begonnen, die die OBO -Bemühungen seit 2007 leitet.[1]

Die Schaffung von OBO im Jahr 2001 wurde weitgehend von den Bemühungen der Bemühungen inspiriert Gen-Ontologie Projekt.[3] OBO ist Teil der Ressourcen der UNS. Nationales Zentrum für biomedizinische Ontologie (NCBIO) und ein zentrales Element des Bioportals des NCBO. Es ist eine Initiative, die von der OBO -Gießerei angeführt wird.

Regeln für die Teilnahme

Die OBO -Gießerei ist offen für Beteiligungen von interessierten Personen. Ontologien, die offiziell Teil der OBO -Foundry sein beabsichtigen, müssen sich an die OBO -Prinzipien halten und eine Reihe von Überprüfungen bestehen, die von den Mitgliedern durchgeführt werden, wenn "die Foundry -Koordinatoren als Analoga der Zeitschriftenredakteure dienen".[1] Es gibt Ontologien, die OBO -Prinzipien folgen, aber nicht offiziell Teil von OBO sind, wie z. Eagle-i's Reagenzanwendung Ontologie.[4] und die Tiere im Kontext -Ontologie.[5]

Eine Integration in OBO der Ontocleans Starrheitstheorie wurde als Schritt vorgeschlagen, um Kandidaten -Ontologien zu standardisieren. Diese Integration erleichtert die Entwicklung von Software, um die Kandidaten automatisch zu überprüfen.[6]

Werkzeug

Die OBO Foundry -Community widmet sich auch der Entwicklung von Tools zur Erleichterung von Ontologien. Die meisten Ontologieentwickler in OBO verwenden die Protege Ontology Editor und die Web -Ontologie -Sprache (Eule) zum Bau von Ontologien. Zu erleichtern Befehlszeile Die OBO-Foundry hat den Werkzeugroboter entwickelt (Robot ist ein OBO-Tool). Roboteraggregate Funktionen für Routineaufgaben in der Ontologieentwicklung, IS, ist Open Sourceund kann entweder über die Befehlszeile oder als Bibliothek für jede Sprache auf der verwendet werden Java virtuelle Maschine.[7]

Anderes Tool im Zusammenhang mit dem OBO -Aufwand ist Obo-Edit,[8] ein Ontologie -Redakteur und Dennzeichen finanziert von der Gen -Ontologie -Konsortium. Es gibt auch Plugins für OBO-Edit, die die Entwicklung von Ontologien erleichtern, wie den semiautomatischen Ontologiegenerator Dog4dag.[9]

Das OBO -Dateiformat

Das OBO-Dateiformat ist eine biologieorientierte Sprache zum Aufbau von Ontologien. Es basiert auf den Prinzipien von Web -Ontologie -Sprache (OWL).

Als Gemeinschaftsanstrengung wurden Standard -gemeinsame Zuordnungen für verlustlose Roundtrip -Transformationen zwischen offenem biomedizinischem Ontologies (OBO) -Format und OWL geschaffen.[10][11] Die Forschung enthält eine methodische Untersuchung jeder der Konstrukte von OBO und eines Schichtkuchens für OBO, ähnlich dem semantischen Webstapel.[12]

OBO Foundry Ontologies

Der anfängliche Satz von OBO -Foundry -Ontologien wurde aus reifen Ontologien zusammengestellt (wie die Gen-Ontologie, Gehen und die Grundmodell der Anatomie, Fmao), durch Fusionen zuvor bestehender Ontologien (z. B. die Zelloktologie,[13] Cl, gebildet aus verschiedenen speziellen Ontologien,[14][15] und verwandte Teile auf Go und FMAO) und durch Entwicklung neuer Ontologien auf der Grundlage seiner Prinzipien.[16]

Der ursprüngliche Satz von Ontologien umfasste auch die anatomische Ontologie der Zebrafisch[17] (ein Teil der Zebrafisch -Informationsnetzwerk), das Chebi Ontologie, die Krankheit Ontologie, das Pflanzen Ontologie, das Sequenz Ontologie, das Ontologie für biomedizinische Untersuchungen und die Protein -Ontologie.[16]

Die Anzahl der Ontologien in OBO ist in der Größenordnung von Hunderten gewachsen, und sie werden in der gesammelt Liste der OBO Foundry Ontologies.

OBO Foundry und Wikidata

Eine Reihe verschiedener OBO -Foundry -Ontologien wurden ebenfalls in die integriert Wikidata Wissensgrafik.[18][19] Dies hat zur Integration von OBO-strukturierten Ontologien in Daten aus anderen Nicht-OBO-Datenbanken geführt. Zum Beispiel die Integration der Menschliche Krankheit Ontologie[20] an wikidata hat seinen link zur Beschreibung von ermöglicht Zelllinien aus der Ressource Cellosaurus.[21] Eines der Ziele der Integration der OBO-Foundry in Wikidata war es, die Hindernisse für Nicht-Ontologen zu senken, um Ontologien beizutragen und sie zu verwenden. Wikidata ist wohl einfacher zu verstehen und zu verwenden als die traditionellen Ontologiemodelle (die ein hohes Maß an spezifischem Fachwissen erfordern).[22]

Prinzipien

Zusammenfassung der OBO Foundry -Prinzipien[23] Für die Entwicklung eines obo-kompatiblen Biowissenschaften Ontologie:

Offenheit

Die Ontologien sind offen verfügbar und müssen unter beiden Lizenz veröffentlicht werden CC-by 3.0 oder im öffentlichen Raum (CC0).[24] Die Offenheit der Ontologien hat beispielsweise den Import von Begriffen aus dem ermöglicht Gen-Ontologie (Eine der Ontologien, die OBO -Prinzipien folgen) zu der Wikidata Projekt.[25]

Gemeinsames Format

Die Ontologien müssen in einem gemeinsamen verfügbaren verfügbar sein formelle Sprache. In der Praxis bedeutet dies, dass Ontologien, die Teil der OBO -Gießerei sindOWL2 oder OBO Verwendung einer RDF/XML Syntax zur Maximierung der Interoperabilität.[26]

Orthogonalität

Zuordnung von OBO -IDs zu OBO Unified Resource Identifiers (URIs), eindeutig für jedes Element.[10]

Begriffe sollten im OBO -Raum eindeutig sein, was bedeutet, dass jedes Element ein eindeutiges Ontologie -Präfix hat (wie z. Chebi, GEHEN, PROFI) und eine lokale numerische Kennung innerhalb der Ontologie.[27] Die Wahl einer numerischen ID wurde getroffen, um die Wartung und Entwicklung der Ressourcen zu verbessern.[28] Um an OBO Foundry teilzunehmen, müssen Ontologien orthogonal sein und die Konzepte, die es modelliert Einheitliche Ressourcenkennung (URI). Neue Ontologien haben also die Wiederverwendung von Arbeiten in anderen Bemühungen.[28]

Trotz des Ideals der Einzigartigkeit von Begriffen und Interoperabilität in der Praxis ist dies schwer durchzusetzen, was zum Auftreten einer Begriff Duplikation führt. Darüber hinaus wiederverwenden einige Ontologien die Begriffe nicht oder sogar unangemessen wieder.[29]

Versioning

Ontologien entwickeln sich im Zeitraum weiter und verfeinern Konzepte und Beschreibungen nach Fortschritten in der Kenntnis ihrer spezifischen Bereiche.[30] Um sicherzustellen, dass neue Versionen aktualisiert werden, aber Tools, die ältere Version der Ontologien verwenden Versioningsysteme, mit jeder Ontologieversion, die eine eindeutige Kennung erhält, entweder im Format eines Datums oder eines Nummerierungssystems, und Metadaten Dags.[31]

Zielfernrohr

Die Ontologien sollten einen klar spezifizierten Bereich haben (die Domäne, die sie abdecken will).[32]

Textdefinitionen haben

Die Ontologien sollten für jedes Element in a Textdefinitionen haben für Menschen lesbar Weg. Das bedeutet, dass sie neben der alphanumerischen Identifizierung für jedes Element in natürlicher Sprache durch logische Bestätigungen beschrieben werden sollten, die dem folgen Aristotelische Logik auf eine Weise, die innerhalb der Ontologie einzigartig ist.[33]

Standardisierte Beziehungen und die Beziehung der Ontologie (RO)

Die Ontologien sollten die Beziehungen zwischen Elementen aus dem verwenden Relations Ontology (RO). Dies stellt sicher, dass verschiedene Ontologien nahtlos integriert werden können, was besonders wichtig ist logische Inferenz.[34]

Die Beziehung der Ontologie (RO) ist ein Ontologie so konzipiert, um die zu repräsentieren Beziehungen zwischen verschiedenen biomedizinischen Konzepten.[35] Es beschreibt strenge Beziehungen wie "Part_of", "lokalisiert" und "vorausgegangen", die von vielen OBO -Foundry -Ontologien wiederverwendet werden.

Dokumentation

Obo -Ontologien müssen gründlich dokumentiert werden. Häufig geschieht dies über GitHub Repositories für jede bestimmte Ontologien (siehe Liste der OBO Foundry Ontologies).[36]

Vielfalt der Benutzer

Die Ontologien sollten für mehrere verschiedene Personen nützlich sein, und Ontologieentwickler sollten die Beweise für die Verwendung dokumentieren. Dieses Kriterium ist für den Überprüfungsprozess wichtig. Beispiele für die Verwendung sind die Verknüpfung der Begriffe durch andere Ontologien, Verwendung in Semantisches Web Projekte, verwenden in Anmerkungen oder andere Forschungsanwendungen.[37]

Offenheit für Zusammenarbeit

Die Ontologien sollten auf eine Weise entwickelt werden, die die Zusammenarbeit mit anderen OBO -Foundry -Mitgliedern ermöglicht.[38]

Ort der Autorität

Die Ontologien sollten eine Person haben, die für die Ontologie verantwortlich ist, die die Interaktion mit der Gemeinschaft vermittelt.[39]

Regeln der Namensgebung

Die Benennung von Konventionen für Obo -Ontologien zielen darauf ab, Primäretiketten eindeutig und einzigartig innerhalb der Ontologie (und vorzugsweise innerhalb von OBO) zu machen. Etiketten und Synonyme sollten in Englisch geschrieben werden, um die Verwendung von zu vermeiden unterstreicht und Kamelfall.[40] OBO fehlt im Gegensatz zu einem Mechanismus für mehrsprachige Unterstützung Wikidata, was Etiketten in verschiedenen Systemen ermöglicht. Das Benennungssystem in OBO basiert auf einer Reihe von Umfragen, um die Namenskonventionen aktueller Ontologien zu katalogisieren und Probleme im Zusammenhang mit diesen Konventionen zu entdecken.[41]

Wartung

Die Ontologien sollten in Bezug auf Änderungen in den Veränderungen aktualisiert werden Wissenschaftlicher Konsens. Die OBO -Foundry definiert den wissenschaftlichen Konsens als "mehrere Veröffentlichungen unabhängiger Labors über ein Jahr kommen zu dem gleichen Schluss, und es gibt keine oder begrenzten (<10%) abweichenden Meinungen, die im gleichen Zeitraum veröffentlicht wurden."[42]

Siehe auch

Verweise

  1. ^ a b c Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceuters W, et al. (November 2007). "Die OBO Foundry: Koordinierte Entwicklung von Ontologien zur Unterstützung der biomedizinischen Datenintegration". Naturbiotechnologie. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687.
  2. ^ Mungall, Christopher J; GKOUTOS, Georgios V; Smith, Cynthia L; Haendel, Melissa a; Lewis, Suzanna E; Ashburner, Michael (2010). "Integration von Phänotyp -Ontologien über mehrere Arten hinweg". Genombiologie. 11 (1): R2. doi:10.1186/GB-2010-11-1-R2. ISSN 1465-6906. PMC 2847714. PMID 20064205.
  3. ^ Shimoyama, Mary; Dwinell, Melinda; Jacob, Howard (2009-08-05). "Mehrere Ontologien zur Integration komplexer Phänotyp -Datensätze". Naturevorinstitionen. doi:10.1038/npre.2009.3554. ISSN 1756-0357.
  4. ^ Pinsel MH, Vasilevsky N, Torniai C, Johnson T, Shaffer C, Haendel M (2011). "Entwicklung einer Reagenz -Anwendung Ontology im OBO Foundry -Framework". CEUR Workshop -Verfahren. 833: 234–236.
  5. ^ Santamaria SL (2012). Entwicklung der Tiere im Kontext -Ontologie (PDF). Proceedings der Internationalen Konferenz über biomedizinische Ontologie. Graz.
  6. ^ Seyed, Patrice und Stuart C. Shapiro. (2011). Anwendung von Starrheit auf die Standardisierung von OBO -Foundry -Kandidaten Ontologien (PDF). Proceedings der Internationalen Konferenz über biomedizinische Ontologie (CEUR 993).{{}}: Cs1 montiert: Mehrfachnamen: Autorenliste (Link)
  7. ^ Jackson RC, Balhoff JP, Douglass E, Harris NL, Mungall CJ, Overton JA (Juli 2019). "Roboter: Ein Werkzeug zur Automatisierung von Ontologie -Workflows". BMC Bioinformatics. 20 (1): 407. doi:10.1186/s12859-019-3002-3. PMC 6664714. PMID 31357927.
  8. ^ Day-Richter J, Harris MA, Haendel M, Lewis S (August 2007). "OBO-Edit-Ein Ontologie-Redakteur für Biologen". Bioinformatik. 23 (16): 2198–200. doi:10.1093/bioinformatics/btm112. PMID 17545183.
  9. ^ Wächter T, Schroeder M (Juni 2010). "Semi-automatische Ontologie-Generation innerhalb von Obo-Edit". Bioinformatik. 26 (12): 188-96. doi:10.1093/bioinformatics/btq188. PMC 2881373. PMID 20529942.
  10. ^ a b Tirmizi, Syed; Aitken, Stuart; Moreira, Dilvan A; Mungall, Chris; Sequeda, Juan; Shah, Nigam H; Miranker, Daniel P (2011). "Kartierung zwischen OBO- und Owl -Ontologiesprachen". Zeitschrift für Biomedizinische Semantik. 2 (Suppl 1): S3. doi:10.1186/2041-1480-2-S1-S3. ISSN 2041-1480. PMC 3105495. PMID 21388572.
  11. ^ Golbreich, Christine; Horridge, Matthew; Horrocks, Ian; Motik, Boris; Shearer, Rob (2007), "OBO und Owl: Nutzung semantischer Webtechnologien für die Biowissenschaften", Das semantische Web, Springer Berlin Heidelberg, Vol. 4825, S. 169–182, Bibcode:2007lncs.4825..169g, doi:10.1007/978-3-540-76298-0_13, ISBN 978-3-540-76297-3
  12. ^ Antezana, e.; Egana, M.; De Baets, b.; Kuiper, M.; Mironov, V. (2008). "On-Perl: Eine API zur Unterstützung der Entwicklung und Analyse von Bio-On-On-Onns". Bioinformatik. 24 (6): 885–887. doi:10.1093/bioinformatics/btn042. PMID 18245124.
  13. ^ Diehl, Alexander D.; Meehan, Terrence F.; Bradford, Yvonne M.; Pinsel, Matthew H.; Dahdul, Wasila M.; Dougall, David S.; Er, Yongqun; Osumi-Sutherland, David; Ruttenberg, Alan; Sarntivijai, Sirarat; Van Slyke, Ceri E. (2016-07-04). "The Cell Ontology 2016: Verbesserte Inhalte, Modularisierung und Interoperabilität der Ontologie". Zeitschrift für Biomedizinische Semantik. 7 (1): 44. doi:10.1186/s13326-016-0088-7. ISSN 2041-1480. PMC 4932724. PMID 27377652.
  14. ^ Bard, Jonathan; Rhee, Seung Y.; Ashburner, Michael (2005-01-14). "Eine Ontologie für Zelltypen". Genombiologie. 6 (2): R21. doi:10.1186/GB-2005-6-2-R21. ISSN 1474-760x. PMC 551541. PMID 15693950.
  15. ^ Kelso, J. (2003-05-12). "EVOC: Ein kontrolliertes Vokabular zur Vereinheitlichung von Genexpressionsdaten". Genomforschung. 13 (6): 1222–1230. doi:10.1101/gr.985203. ISSN 1088-9051. PMC 403650. PMID 12799354.
  16. ^ a b Smith, Barry; Ashburner, Michael; Rosse, Cornelius; Bard, Jonathan; Bug, William; Ceuters, Werner; Goldberg, Louis J; Eilbeck, Karen; Irland, Amelia; Mungall, Christopher J; Leontis, Neocles (November 2007). "Die OBO Foundry: Koordinierte Entwicklung von Ontologien zur Unterstützung der biomedizinischen Datenintegration". Naturbiotechnologie. 25 (11): 1251–1255. doi:10.1038/nbt1346. ISSN 1087-0156. PMC 2814061. PMID 17989687.
  17. ^ Van Slyke, Ceri e.; Bradford, Yvonne M.; Westerfield, Monte; Haendel, Melissa A. (2014-02-25). "Die Zebrafisch -Anatomie und die Bühnen -Ontologien: Darstellung der Anatomie und Entwicklung von Danio Rerio". Zeitschrift für Biomedizinische Semantik. 5 (1): 12. doi:10.1186/2041-1480-5-12. ISSN 2041-1480. PMC 3944782. PMID 24568621.
  18. ^ Waagmeester, Andra; Stupp, Gregory; Burgstaller-Muehlbacher, Sebastian; Gut, Benjamin M; Griffith, Malachi; Griffith, Obi L; Hanspers, Kristina; Hermjakob, Henning; Hudson, Toby S; Hybiske, Kevin; Keating, Sarah M (2020-03-17). Rodgers, Peter; Mungall, Chris (Hrsg.). "Wikidata als Wissensgrafik für die Biowissenschaften". Elife. 9: e52614. doi:10.7554/elife.52614. ISSN 2050-084X. PMC 7077981. PMID 32180547.
  19. ^ Turki, Houcemeddine; Shafee, Thomas; Hadj Taieb, Mohamed Ali; Ben Aouicha, Mohamed; Vrandečić, Denny; Das, Diptanshu; Hamdi, Helmi (2019-11-01). "Wikidata: Eine groß angelegte kollaborative ontologische medizinische Datenbank". Journal of Biomedical Informatics. 99: 103292. doi:10.1016/j.jbi.2019.103292. ISSN 1532-0464. PMID 31557529.
  20. ^ Schriml, Lynn M.; Mitraka, Elvira; Munro, James; Tauber, Becky; Schor, Mike; Nickle, Lance; Felix, Victor; Jeng, Linda; Träger, Cynthia; Lichenstein, Richard; Bisordi, Katharine (2019-01-08). "Humanerkrankung Ontology 2018 Update: Klassifizierung, Inhalt und Workflow -Expansion". Nukleinsäurenforschung. 47 (D1): D955 - D962. doi:10.1093/nar/gky1032. ISSN 0305-1048. PMC 6323977. PMID 30407550.
  21. ^ "Hela". www.wikidata.org. Abgerufen 2020-05-04.
  22. ^ Jacobsen, Annika; Waagmeester, Andra; Kaliyaperumal, Rajaram; Stupp, Gregory S.; M. Schriml, Lynn; Thompson, Mark; I. Su, Andrew; Roos, Marco (2018-12-04). "Wikidata als intuitive Ressource für die semantische Datenmodellierung in der Datenverrückung". Figshare. doi:10.6084/m9.fighare.7415282.v2.
  23. ^ "Überblick". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  24. ^ "Open (Prinzip 1)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  25. ^ Burgstaller-Muehlbacher S., Waagmeester A., ​​Mitraka E., Turner J., Putman T., Leong J. et al. (2016-01-01). "Wikidata als semantischer Rahmen für die Gen -Wiki -Initiative". Datenbank. 2016: BAW015. doi:10.1093/Datenbank/BAW015. PMC 4795929. PMID 26989148.
  26. ^ "Gemeinsames Format (Prinzip 2)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  27. ^ "Uri/Identifierraum (Prinzip 3)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  28. ^ a b Courtot M, Mungall C, Brinkman RR, Ruttenberg A (2010). Aufbau der OBO Foundry-One-Richtlinie gleichzeitig. Ceurs Proceedings: Internationale Konferenz über biomedizinische Ontologien.
  29. ^ Ghazvinian A, Noy NF, Muden MA (Mai 2011). "Wie orthogonal sind die OBO Foundry Ontologies?". Zeitschrift für Biomedizinische Semantik. 2 Suppl 2 (Suppl 2): ​​S2. doi:10.1186/2041-1480-2-S2-S2. PMC 3102891. PMID 21624157.
  30. ^ Groß, Anika; Pruski, Cédric; Rahm, Erhard (2016). "Entwicklung biomedizinischer Ontologien und Zuordnungen: Überblick über die jüngsten Ansätze". Rechen- und Strukturbiotechnologiejournal. 14: 333–340. doi:10.1016/j.csbj.2016.08.002. ISSN 2001-0370. PMC 5018063. PMID 27642503.
  31. ^ "Versioning (Prinzip 4)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  32. ^ "Umfang (Prinzip 5)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  33. ^ "Textdefinitionen (Prinzip 6)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  34. ^ "Beziehungen (Prinzip 7)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  35. ^ Smith, Barry; Ceuters, Werner; Klagges, Bert; Köhler, Jacob; Kumar, Anand; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Neuhaus, Fabian; Rektor, Alan L; Rosse, Cornelius (2005). "Beziehungen in biomedizinischen Ontologien". Genombiologie. 6 (5): R46. doi:10.1186/GB-2005-6-5-R46. PMC 1175958. PMID 15892874.
  36. ^ "Dokumentation (Prinzip 8)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  37. ^ "Dokumentierte Nutzer der Benutzer (Prinzip 9)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  38. ^ "Engagement für die Zusammenarbeit (Prinzip 10)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  39. ^ "Ort der Autorität (Prinzip 11)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  40. ^ "Benennung von Konventionen (Prinzip 12)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.
  41. ^ Schober, Daniel; Smith, Barry; Lewis, Suzanna E; Kusnierczyk, Waclaw; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Taylor, Chris F; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta (2009). "Umfragebasierte Namenskonventionen zur Verwendung in der OBO Foundry Ontology Development". BMC Bioinformatics. 10 (1): 125. doi:10.1186/1471-2105-10-125. ISSN 1471-2105. PMC 2684543. PMID 19397794.
  42. ^ "Wartung (Prinzip 16)". obofoundry.org. Abgerufen 2020-02-06.

Externe Links