Liste der Open-Source-Bioinformatik-Software
Dies ist eine Liste von Computer Software Welches ist gemacht für Bioinformatik und unter freigelassenem unter Quelloffene Software Lizenzen mit Artikeln in Wikipedia.
Software | Beschreibung | Plattform | Lizenz | Entwickler |
---|---|---|---|---|
.NET BIO | Sprachneutrales Toolkit, das mit dem Microsoft 4.0 .NET Framework erstellt wurde, um Entwicklern, Forschern und Wissenschaftlern zu helfen | .NET Framework | Apache | Kollaboratives Projekt |
AMPHORA | Metagenomik Analysesoftware | Linux | Gpl | ? |
Anduril | Komponentenbasiert Arbeitsablauf Framework für die Datenanalyse | Linux, Mac OS, Fenster | Gpl | Universität von Helsinki |
Ascalaph Designer | Computerprogramm für allgemeine molekulare Modellierung für molekulares Design und Simulationen. | ? | GPLV2 | Agiles Molekül |
Autodock | Suite automatisierter Docking -Tools | ? | Gpl | ? |
Avogadro | C ++ (Qt) Basierter Molekül -Editor und Visualizer für Computerchemie, molekulare Modellierung, Bioinformatik, Materialwissenschaft und verwandte Bereiche. | ? | Gpl | ? |
Bedtools | "Genomarithmetik" - Manipulation von Koordinatensätzen und die Extraktion von Sequenzen aus einer Bettdatei. | Linux | MIT | Quinlanlab, Universität von Utah |
Bioklipse | Visuelle Plattform für Chemotherapie- und Bioinformatik basierend auf Finsternis Reiche Client -Plattform (RCP) | ? | Eclipse Public | Das Bioklipseprojekt |
Biokonduktor | R (Programmiersprache) Sprach -Toolkit | Linux, Mac OS, Fenster | Künstlerisch 2.0 | Fred Hutchinson Cancer Research Center |
Biojava | Java Bibliotheksfunktionen zur Manipulation von Sequenzen, Proteinstrukturen, Datei -Parsers, CORBA -Interoperabilität, verteiltem Annotationssystem (DAS), Zugriff auf ACEDB, dynamische Programmierung und einfache statistische Routinen | Linux, Mac OS, Fenster | LGPL v2.1 | Open Bioinformatics Foundation |
Biojs | JavaScript Bibliothek von Komponenten zur Visualisierung biologischer Daten | Webbrowser | Apache | ? |
Biomobie | Registrierung von Internetdienste | Webbrowser | Künstlerisch | Open Bioinformatics Foundation |
Bioperl | Perl Sprach -Toolkit | Plattformübergreifend | Künstlerisch, Gpl | Open Bioinformatics Foundation |
Biophp | Php Sprachtoolkit mit Klassen für DNA- und Proteinsequenzanalyse, Ausrichtung, Datenbank -Parsen und andere Bioinformatik -Tools | Plattformübergreifend | Gpl v2 | Open Bioinformatics Foundation |
Biopython | Python Sprach -Toolkit | Plattformübergreifend | Biopython[1] | Open Bioinformatics Foundation |
Bioruby | Rubin Sprach -Toolkit | ? | Gpl v2 oder Rubin | Open Bioinformatics Foundation |
SPRENGEN | Algorithmus und Programm zum Vergleich primärer biologischer Sequenzinformationen, einschließlich DNA- und Proteinsequenzen. | Plattformübergreifend | Public domain | Nationales Zentrum für Biotechnologie Information |
CP2K | Führen Sie atomistische Simulationen von Festkörper-, Flüssig-, Molekular- und biologischen Systemen durch, geschrieben in Fortran 2003. | ? | Gpl und LGPL | Kostenlose Open Source GNU GPLV2 oder höher |
PRÄGEN | Suite von Paketen für die Sequenzierung, Suche usw. geschrieben in C | ? | Gpl und LGPL | Kollaboratives Projekt |
Galaxis | Wissenschaftlicher Workflow und Datenintegration System | Unix-artig | Akademisch frei | Kollaboratives Projekt |
Genepattern | Wissenschaftliches Workflow -System Dies bietet Zugang zu Hunderten von Genomanalyse -Tools | Unix-artig (öffentlicher Server); Linux, Mac OS, Fenster | MIT | Breites Institut, UC San Diego |
Gewerkbench | Genomisch Datenintegration Plattform | Linux, Mac OS, Fenster | Gewerkbench -Lizenz[2] | Universität von Columbia |
Gmod | Toolkit, um viele häufige Herausforderungen in biologischen Datenbanken zu bewältigen | Unix-artig (Server), Webbrowser (Klient) | Variiert je nach Werkzeug | Kollaboratives Projekt |
Gengis | Anwendung, mit der digitale Kartendaten mit Informationen zu aus der Umgebung gesammelten biologischen Sequenzen kombiniert werden können | Fenster, Mac OS | Gpl | Kollaboratives Projekt |
Genomespace | Zentralisierte Webanwendung, die Datenformattransformationen bereitstellt und Verbindungen zu anderen Bioinformatik -Tools erleichtert | Webbrowser | LGPL | Breites Institut, kollaboratives Projekt |
Sanft | Ein Äquivalent zum Eigentümer Vektor nti, ein Tool zur Analyse und Bearbeitung DNA Sequenzdateien | ? | Gpl | Magnus Manske |
Gromacs | Molekulardynamikpaket hauptsächlich für Simulationen von Proteinen, Lipiden und Nukleinsäuren. | Linux, Mac OS, Fenster | Gemeinsames Publikum 1.0 | Genoviz |
Integrierter Genombrowser | Java-Basierter Desktop Genombrowser | Linux, Mac OS, Fenster | Gemeinsames Publikum 1.0 | Genoviz |
Intermine | Umfangreiches Data Warehouse -System zur Analyse und Integration biologischer Datensätze in Java und JavaScript | Plattformübergreifend | LGPL | Universität von Cambridge |
Labkey Server | Mit der Softwareplattform können Unternehmen komplexe biomedizinische Daten integrieren, analysieren und teilen | Linux, Mac OS, Fenster | Apache | Labkey Software Foundation |
Lammps | Molekulardynamikprogramm geschrieben in C ++ | Linux, Mac OS, Fenster | Apache | Sandia National Laboratories. |
Mothur | Software zur Analyse der 16s rRNA Gen | Linux, Mac OS, Fenster | ? | Universität von Michigan |
Pathviso | Desktop -Software zum Zeichnen, Analysieren und Visualisieren biologischer Wege | Linux, Mac OS, Fenster | Apache 2.0 | Maastricht Universität |
Orange | Komponentenbasiert Data Mining und maschinelles Lernen Software-Suite in C ++ geschrieben, die ein visuelles Programmierende Front-End für enthält Explorationsdatenanalyse und Interaktive Visualisierung, und Python Bindungen und Bibliotheken zum Skripten | Linux, Mac OS, Fenster | Gpl | Universität von Ljubljana |
Samtools | Versorgungsunternehmen für die Interaktion mit Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten und -ausrichtungen im SAM/BAM-Format | Unix/Linux | MIT | Kollaboratives Projekt |
Seifensuite | Suite von Werkzeugen für die Montage, Ausrichtung und Analyse der kurzen Lesen Sequenzierung der nächsten Generation Daten | Unix/Linux, Mac OS | Gpl | BGI |
Stadenpaket | Sequenzbaugruppe, Bearbeitung und Analyse, hauptsächlich bestehend aus GAP4, GAP5 und Spin. Geschrieben in C, C ++, Forran und TCL. | Linux, Mac OS, Fenster | BSD | Wellcome Trust Sanger Institute, Medizinischer Forschungsrat |
Taverna Workbench | Werkzeug zum Entwerfen und Ausführen von Workflows | Linux, Mac OS, Fenster | LGPL | Mygrid |
T-Rex (Webserver) | Inferenz, Validierung und Visualisierung phylogenetischer Bäume und phylogenetischer Netzwerke | Webbrowser, Fenster | ? | Université du Québec à Montréal |
Ugen | Integrierte Bioinformatik -Tools, geschrieben in C ++ (Qt)) | Linux, Mac OS, Fenster | Gpl 2 | Unipro |
Unipept | Metaproteomik Biodiversitätsanalyse in Ruby und JavaScript geschrieben | Webbrowser | MIT | Gent Universität |
VOTCA | Ein grobkörniges Modellierungspaket für die molekulare Dynamik, geschrieben in C ++, Perl, Bash | Linux, Mac OS, Fenster, jede andere Unix -Sorte | Apache -Lizenz 2.0 | Max Planck Institute für Polymerforschung |
Siehe auch
- Liste der Sequenz -Alignment -Software
- Liste der Open-Source Healthcare-Software
- Liste der biomedizinischen Cybernetics -Software
- Liste der Freeware Health Software
- Liste der Gentechnik -Software
- Liste der molekularen Grafiksysteme
- Vergleich der Software für die molekulare Mechanikmodellierung
- Liste der proprietären Bioinformatik -Software
Verweise
- ^ Biopython -Lizenz
- ^ "GEWorkbench -Lizenz". Gewerkbench. Universität von Columbia. 15. Juni 2014.