Liste der Open-Source-Bioinformatik-Software

Dies ist eine Liste von Computer Software Welches ist gemacht für Bioinformatik und unter freigelassenem unter Quelloffene Software Lizenzen mit Artikeln in Wikipedia.

Software Beschreibung Plattform Lizenz Entwickler
.NET BIO Sprachneutrales Toolkit, das mit dem Microsoft 4.0 .NET Framework erstellt wurde, um Entwicklern, Forschern und Wissenschaftlern zu helfen .NET Framework Apache Kollaboratives Projekt
AMPHORA Metagenomik Analysesoftware Linux Gpl ?
Anduril Komponentenbasiert Arbeitsablauf Framework für die Datenanalyse Linux, Mac OS, Fenster Gpl Universität von Helsinki
Ascalaph Designer Computerprogramm für allgemeine molekulare Modellierung für molekulares Design und Simulationen. ? GPLV2 Agiles Molekül
Autodock Suite automatisierter Docking -Tools ? Gpl ?
Avogadro C ++ (Qt) Basierter Molekül -Editor und Visualizer für Computerchemie, molekulare Modellierung, Bioinformatik, Materialwissenschaft und verwandte Bereiche. ? Gpl ?
Bedtools "Genomarithmetik" - Manipulation von Koordinatensätzen und die Extraktion von Sequenzen aus einer Bettdatei. Linux MIT Quinlanlab, Universität von Utah
Bioklipse Visuelle Plattform für Chemotherapie- und Bioinformatik basierend auf Finsternis Reiche Client -Plattform (RCP) ? Eclipse Public Das Bioklipseprojekt
Biokonduktor R (Programmiersprache) Sprach -Toolkit Linux, Mac OS, Fenster Künstlerisch 2.0 Fred Hutchinson Cancer Research Center
Biojava Java Bibliotheksfunktionen zur Manipulation von Sequenzen, Proteinstrukturen, Datei -Parsers, CORBA -Interoperabilität, verteiltem Annotationssystem (DAS), Zugriff auf ACEDB, dynamische Programmierung und einfache statistische Routinen Linux, Mac OS, Fenster LGPL v2.1 Open Bioinformatics Foundation
Biojs JavaScript Bibliothek von Komponenten zur Visualisierung biologischer Daten Webbrowser Apache ?
Biomobie Registrierung von Internetdienste Webbrowser Künstlerisch Open Bioinformatics Foundation
Bioperl Perl Sprach -Toolkit Plattformübergreifend Künstlerisch, Gpl Open Bioinformatics Foundation
Biophp Php Sprachtoolkit mit Klassen für DNA- und Proteinsequenzanalyse, Ausrichtung, Datenbank -Parsen und andere Bioinformatik -Tools Plattformübergreifend Gpl v2 Open Bioinformatics Foundation
Biopython Python Sprach -Toolkit Plattformübergreifend Biopython[1] Open Bioinformatics Foundation
Bioruby Rubin Sprach -Toolkit ? Gpl v2 oder Rubin Open Bioinformatics Foundation
SPRENGEN Algorithmus und Programm zum Vergleich primärer biologischer Sequenzinformationen, einschließlich DNA- und Proteinsequenzen. Plattformübergreifend Public domain Nationales Zentrum für Biotechnologie Information
CP2K Führen Sie atomistische Simulationen von Festkörper-, Flüssig-, Molekular- und biologischen Systemen durch, geschrieben in Fortran 2003. ? Gpl und LGPL Kostenlose Open Source GNU GPLV2 oder höher
PRÄGEN Suite von Paketen für die Sequenzierung, Suche usw. geschrieben in C ? Gpl und LGPL Kollaboratives Projekt
Galaxis Wissenschaftlicher Workflow und Datenintegration System Unix-artig Akademisch frei Kollaboratives Projekt
Genepattern Wissenschaftliches Workflow -System Dies bietet Zugang zu Hunderten von Genomanalyse -Tools Unix-artig (öffentlicher Server); Linux, Mac OS, Fenster MIT Breites Institut, UC San Diego
Gewerkbench Genomisch Datenintegration Plattform Linux, Mac OS, Fenster Gewerkbench -Lizenz[2] Universität von Columbia
Gmod Toolkit, um viele häufige Herausforderungen in biologischen Datenbanken zu bewältigen Unix-artig (Server), Webbrowser (Klient) Variiert je nach Werkzeug Kollaboratives Projekt
Gengis Anwendung, mit der digitale Kartendaten mit Informationen zu aus der Umgebung gesammelten biologischen Sequenzen kombiniert werden können Fenster, Mac OS Gpl Kollaboratives Projekt
Genomespace Zentralisierte Webanwendung, die Datenformattransformationen bereitstellt und Verbindungen zu anderen Bioinformatik -Tools erleichtert Webbrowser LGPL Breites Institut, kollaboratives Projekt
Sanft Ein Äquivalent zum Eigentümer Vektor nti, ein Tool zur Analyse und Bearbeitung DNA Sequenzdateien ? Gpl Magnus Manske
Gromacs Molekulardynamikpaket hauptsächlich für Simulationen von Proteinen, Lipiden und Nukleinsäuren. Linux, Mac OS, Fenster Gemeinsames Publikum 1.0 Genoviz
Integrierter Genombrowser Java-Basierter Desktop Genombrowser Linux, Mac OS, Fenster Gemeinsames Publikum 1.0 Genoviz
Intermine Umfangreiches Data Warehouse -System zur Analyse und Integration biologischer Datensätze in Java und JavaScript Plattformübergreifend LGPL Universität von Cambridge
Labkey Server Mit der Softwareplattform können Unternehmen komplexe biomedizinische Daten integrieren, analysieren und teilen Linux, Mac OS, Fenster Apache Labkey Software Foundation
Lammps Molekulardynamikprogramm geschrieben in C ++ Linux, Mac OS, Fenster Apache Sandia National Laboratories.
Mothur Software zur Analyse der 16s rRNA Gen Linux, Mac OS, Fenster ? Universität von Michigan
Pathviso Desktop -Software zum Zeichnen, Analysieren und Visualisieren biologischer Wege Linux, Mac OS, Fenster Apache 2.0 Maastricht Universität
Orange Komponentenbasiert Data Mining und maschinelles Lernen Software-Suite in C ++ geschrieben, die ein visuelles Programmierende Front-End für enthält Explorationsdatenanalyse und Interaktive Visualisierung, und Python Bindungen und Bibliotheken zum Skripten Linux, Mac OS, Fenster Gpl Universität von Ljubljana
Samtools Versorgungsunternehmen für die Interaktion mit Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten und -ausrichtungen im SAM/BAM-Format Unix/Linux MIT Kollaboratives Projekt
Seifensuite Suite von Werkzeugen für die Montage, Ausrichtung und Analyse der kurzen Lesen Sequenzierung der nächsten Generation Daten Unix/Linux, Mac OS Gpl BGI
Stadenpaket Sequenzbaugruppe, Bearbeitung und Analyse, hauptsächlich bestehend aus GAP4, GAP5 und Spin. Geschrieben in C, C ++, Forran und TCL. Linux, Mac OS, Fenster BSD Wellcome Trust Sanger Institute, Medizinischer Forschungsrat
Taverna Workbench Werkzeug zum Entwerfen und Ausführen von Workflows Linux, Mac OS, Fenster LGPL Mygrid
T-Rex (Webserver) Inferenz, Validierung und Visualisierung phylogenetischer Bäume und phylogenetischer Netzwerke Webbrowser, Fenster ? Université du Québec à Montréal
Ugen Integrierte Bioinformatik -Tools, geschrieben in C ++ (Qt)) Linux, Mac OS, Fenster Gpl 2 Unipro
Unipept Metaproteomik Biodiversitätsanalyse in Ruby und JavaScript geschrieben Webbrowser MIT Gent Universität
VOTCA Ein grobkörniges Modellierungspaket für die molekulare Dynamik, geschrieben in C ++, Perl, Bash Linux, Mac OS, Fenster, jede andere Unix -Sorte Apache -Lizenz 2.0 Max Planck Institute für Polymerforschung

Siehe auch

Verweise

  1. ^ Biopython -Lizenz
  2. ^ "GEWorkbench -Lizenz". Gewerkbench. Universität von Columbia. 15. Juni 2014.

Externe Links