Biositemap

A Biositemap ist eine Möglichkeit für a Biomedizinische Forschung Organisationsinstitution, um zu zeigen, wie biologische Informationen über ihre gesamte Verteilung verteilt werden Informationstechnologie Systeme und Netzwerke. Diese Informationen können mit anderen Organisationen und Forschern weitergegeben werden.

Die Biositemap ermöglicht Internetbrowser, Kriecher und Roboter So problemlos auf die Informationen zuzugreifen und zu verarbeiten, um sie in anderen Systemen, Medien und Berechnungsformaten zu verwenden. Bisitemaps -Protokolle liefern Hinweise für die Biositemap -Webernteure, sodass sie Ressourcen und Inhalte im gesamten Zusammenhang des Biositemap -Systems finden können. Dies bedeutet, dass menschliche oder maschinelle Benutzer auf relevante Informationen zu jedem Thema in allen Organisationen im gesamten Biositemap -System zugreifen und sie für Assimilation oder Analyse in ihre eigenen Systeme bringen können.

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itools Darstellung eines Biositemaps

Die Informationen werden normalerweise in einer Datei biositeMap.rdf oder biositeMap.xml gespeichert, die Listen von Informationen zu Daten, Software, Werkzeugenmaterial und Diensten enthält, die von dieser Organisation bereitgestellt oder gehalten werden. Informationen werden in präsentiert Metafields und kann online über Websites wie den Online -Editor von Biositemaps erstellt werden.[1]

Die Informationen sind eine Mischung aus Sitemaps und RSS-Feeds und wird mit dem erstellt Informationsmodell (IM) und Biomedizinische Ressource Ontologie (BRUDER). Die IM ist für die Definition der in den Metafields enthaltenen Daten verantwortlich und der Bro kontrolliert die Terminologie der Daten im Bereich "Ressource_Type". Der Bruder ist entscheidend, um die Interaktivität sowohl der anderen Organisationen als auch der Dritten bei der Suche und Verfeinerung dieser Suchanfragen zu unterstützen.

Datenformate

Das Bisitemaps -Protokoll[2] Ermöglicht Wissenschaftlern, Ingenieuren, Zentren und Institutionen, die sich mit Modellierung, Softwaretool -Entwicklung und Analyse von biomedizinischen und Informatikdaten beschäftigen, um die Informationen über ihre neuesten Informationen zu übertragen und der Welt zu verbreiten Computerbiologie Ressourcen (Daten, Softwaretools und Webdienste). Das Biositemap -Konzept basiert auf Ideen von Effiziente, automatisierte Webressourcenernte[3] undCrawler-freundliche Webserver,[4] und es integriert die Funktionen von Sitemaps und RSS füttert einen dezentralen Mechanismus für Computerbiologen und Bioinformatiker, um Meta-Daten über biomedizinische Ressourcen offen zu übertragen und zu holen.

Diese Site, Institution oder Ermittlerspezifische Biositemap Beschreibungen werden in veröffentlicht in RDF Online -Format und werden von Web -Suchmaschinen durchsucht, analysiert, überwacht und interpretiert, Webanwendungen, die spezifisch für Biositemaps und Ontologien und andere Anwendungen, die an der Entdeckung aktualisierter oder neuer Ressourcen für Bioinformatik und biomedizinische Forschungsinvestitionen interessiert sind. Der Biositemap -Mechanismus trennt die Anbieter biomedizinischer Ressourcen (Forscher oder Institutionen) von den Verbrauchern von Ressourceninhalten (Forscher, Kliniker, Nachrichtenmedien, Finanzierungsagenturen, Bildungs- und Forschungsinitiativen).

Eine Biositemap ist eine RDF Datei, in der die biomedizinischen und bioinformatischen Ressourcen für eine bestimmte Forschungsgruppe oder ein bestimmtes Konsortium aufgeführt sind. Es ermöglicht den Entwicklern biomedizinischer Ressourcen, die Funktionalität und Verwendbarkeit jeder ihrer Softwaretools, Datenbanken oder Webbedienungen zu beschreiben.[2][5]

Die Bisitemaps ergänzen und ersetzen die vorhandenen Frameworks nicht zur Verbreitung von Daten, Tools und Diensten. Die Verwendung eines Biositemaps garantiert weder, dass Ressourcen in Suchindizes enthalten sind noch beeinflusst die Art und Weise, wie Tools von der Community eingestuft oder wahrgenommen werden. Das Biositemaps -Protokoll wird allen Biositemap -Webernten Hinweisen, Informationen und Richtlinien liefern, die auf die Existenz und den Inhalt biomedizinischer Ressourcen an verschiedenen Standorten hinweisen.

Biositemap -Informationsmodell

Das Biositemap -Protokoll beruht auf einem erweiterbaren Informationsmodell, das spezifische Eigenschaften enthält[6] die üblicherweise verwendet und notwendig werden, um biomedizinische Ressourcen zu charakterisieren:

  • Name
  • Beschreibung
  • URL
  • Entwicklungsstufe
  • Organisation
  • Ressourcen -Ontologie -Etikett
  • Schlüsselwörter
  • Lizenz

Die aktuelle Dokumentation des Informationsmodells finden Sie auf der Website von BiOsitemaps.

Siehe auch

Verweise

  1. ^ Bisitemaps Online -Editor Archiviert 30. Juli 2010 bei der Wayback -Maschine
  2. ^ a b Dinov ID, Rubin D, Lorensen W, et al. (2008). "ITOOLS: Ein Rahmen für die Klassifizierung, Kategorisierung und Integration von rechnerischen Biologie -Ressourcen". PLUS EINS. 3 (5): E2265. Bibcode:2008PLOSO ... 3.2265D. doi:10.1371/journal.pone.0002265. PMC 2386255. PMID 18509477.
  3. ^ M.L. Nelson; J.A. Schmied; Del Campo; H. van de Sompel; X. Liu (2006). "Effiziente, automatisierte Webressourcenernte" (PDF). Widm'06.
  4. ^ Brandman O; Cho J; Garcia-Molina h; Shivakumar n (2000). "Crawler-freundliche Webserver". ACM Sigmetrics Performance Evaluation Review. 28 (2): 9–14. Citeseerx 10.1.1.34.7957. doi:10.1145/362883.362894. S2CID 5732912.
  5. ^ Cannata N, Merelli E, Altman RB (Dezember 2005). "Zeit für die Organisation der Bioinformatik ressourcenisch". PLOS Comput. Biol. 1 (7): e76. Bibcode:2005PLSCB ... 1 ... 76C. doi:10.1371/journal.pcbi.0010076. PMC 1323464. PMID 16738704.
  6. ^ Chen YB, Chattopadhyay A, Bergen P, Gadd C, Tannery N (Januar 2007). "Die Sammlung von Online-Bioinformatik-Ressourcen an der University of Pittsburgh Health Sciences Library System-ein One-Stop-Gateway zu Online-Bioinformatik-Datenbanken und Softwaretools". Nukleinsäuren Res. 35 (Datenbankproblem): D780–5. doi:10.1093/nar/gkl781. PMC 1669712. PMID 17108360.

Externe Links